苏州大学学报其前身为东吴大学学报，1906年在东吴大学创刊，创刊号名《学桴》（又名《东吴月报》）。在其后的32年间，先后用过《学桴》、《东吴月报》、《东吴》、《东吴季报》、《东吴学报》、《东吴杂志》和《新东吴》等刊名。刊期曾为月刊、双月刊、季刊，文理合刊。1933～1938年，学报以一个学科的论文为专号出版。随主办者、刊名、刊期多次变更，但始终保持着出版的连续性，直至抗战爆发后于1938年6月暂时停刊。
中华人民共和国成立后，东吴大学与1952年更名为江苏师范学院，学报也随之更名为《江苏师院学报》并于1960年复刊。时为内部刊物，不定期出版，每期刊登一个学科的论文，有历史卷、中国语文卷、数学卷和物理卷等，至1964年暂时停刊。
1966年后的“文化大革命”期间，学报以《红色学院》的刊名出版，内部刊物，不定期出版，文理合刊。1969～1971年共出版26期，其中，第1～6期为《红色师院通讯》，第7～26期为《红色师院》。
1974年，恢复出版《江苏师院学报》，内部刊物，季刊，文理合刊。1978年，《江苏师院学报》获批为公开出版刊物，季刊，分文科版、理科版。1982年，江苏师院更名为苏州大学，《江苏师院学报》随之更名为《苏州大学学报》，季刊，分为哲学社会科学版、自然科学版。
1997年，苏州丝绸工学院与苏州大学合并，其后，《苏州大学学报（哲社版）》、《苏州大学学报（自然科学版）》、《苏州丝绸工学院学报》并入苏州大学出版社。2000年，苏州医学院与苏州大学合并，《苏州医学院学报》并入苏州大学出版社。2001年，《苏州丝绸工学院学报》和《苏州医学院学报》更名为《苏州大学学报（工科版）》和《苏州大学学报（医学版）》。2004年，《苏州大学学报（哲社版）》改为双月刊。
2010年，经苏州大学校务会议研究决定，苏州大学学报编辑部与苏州大学出版社分开，成立独立的处级单位。原数学学院的《代数集刊》并入苏州大学学报编辑部。2010年至2012年，苏州大学学报编辑部共有5本期刊，分别是哲学社会科学版、自然科学版、工科版、医学版和《代数集刊》。
2012年年末，经校务会议研究决定，学报编辑部进行资源整合，原《苏州大学学报（医学版）》《苏州大学学报（工科版）》《苏州大学学报（自然科学版）》停刊 ，并变更申请创办《苏州大学学报（法学版）》、《苏州大学学报（教育科学版）》和Language and Semiotic Studies《语言与符号学研究》。
2013年8月《苏州大学学报（教育科学版）》获批，2013年10月《苏州大学学报（法学版）》获批，2014年12月Language and Semiotic Studies《语言与符号学研究》获批。现学报编辑部共有五本学术性期刊，分别是《苏州大学学报（哲学社会科学版）》《苏州大学学报（法学版）》《苏州大学学报（教育科学版）》、Language and Semiotic Studies（《语言与符号学研究》）和《代数集刊》。
